Pendant quatorze jours, une quarantaine de scientifiques et techniciens venus d’Afrique de l’Ouest et d’Afrique centrale renforcent leurs compétences en surveillance génomique et en approche « One Health » à l’université de Lomé. Une stratégie qui entend mieux anticiper les maladies en surveillant à la fois les humains, les animaux et l’environnement.
L’université de Lomé accueille depuis mercredi 9 septembre 2026 la phase de regroupement en présentiel du réseau international de surveillance génomique qui renforce les capacités de séquençage des laboratoires (AFROSCREEN-FEF). Organisée dans la salle de conférence de West African Science Service Centre on Climate Change and Adapted Land Use (WASCAL), cette rencontre scientifique réunit une quarantaine de participants issus de plusieurs pays d’Afrique de l’Ouest et d’Afrique centrale.
Biologistes, techniciens, chercheurs, bio-informaticiens et spécialistes des données de santé prennent part à cette formation de quatorze jours consacrés à la surveillance génomique des maladies infectieuses et à l’approche « One Health ».
Derrière cette initiative se trouve une conviction de plus en plus défendue par les scientifiques africains : pour prévenir les prochaines épidémies, il ne suffit plus de surveiller uniquement la santé humaine. Il faut également observer ce qui se passe chez les animaux et dans l’environnement.
Surveiller les maladies au-delà de l’être humain
L’approche « One Health » repose précisément sur cette interdépendance entre santé humaine, santé animale et santé environnementale. Certains agents pathogènes peuvent circuler chez les animaux ou dans l’environnement avant qu’une maladie ne soit détectée chez l’homme.
La surveillance génomique peut alors contribuer à identifier ces agents, à comprendre leur évolution et à suivre leur circulation. L’objectif est de disposer de signaux permettant aux autorités sanitaires d’agir plus rapidement face à une menace émergente.
Durant la formation, les participants approfondissent notamment leurs compétences en séquençage de nouvelle génération, bio-informatique, métagénomique, analyses phylogénétiques et modélisation des risques. Des travaux pratiques et des études de cas portent notamment sur Ebola, Mpox, les arboviroses et les fièvres hémorragiques virales.
Cette approche ouvre ainsi la surveillance à différents compartiments : les échantillons humains, mais aussi, dans une logique intégrée, ceux provenant des animaux et de l’environnement.
Tirer les leçons de la pandémie de Covid-19
Pour Nicole Vidal, de l’Institut de recherche pour le développement (IRD), représentant la coordination d’AFROSCREEN et le CERFIG, le projet est né d’une faiblesse révélée par la pandémie de Covid-19. « Le projet AFROSCREEN est né d’un constat simple mais brutal : l’Afrique, pendant la pandémie de COVID-19, ne produisait qu’une infime partie des séquences génomiques partagées dans le monde. »
L’enjeu est désormais de renforcer les capacités du continent afin que les scientifiques africains puissent produire et analyser davantage de données génomiques, mais surtout transformer ces données en réponses sanitaires concrètes.
Pour les organisateurs, la souveraineté sanitaire passe donc aussi par la capacité des pays africains à produire leurs propres connaissances scientifiques et à les mobiliser dans les décisions de santé publique.
« La surveillance génomique est notre bouclier »
Représentant le président de l’Université de Lomé, le professeur Aboudoulatif Diallon, vice-doyen de la Faculté des Sciences de la Santé, a souligné l’engagement de l’institution dans cette dynamique régionale.
« Notre participation active au projet AFROSCREEN, depuis ses débuts en 2021, témoigne de notre volonté de contribuer à la construction d’un espace africain de recherche et d’innovation en santé globale. »
Pour le professeur Mounérou Salou, coordinateur local et représentant du laboratoire BIOLIM, la surveillance génomique constitue désormais un outil stratégique pour le continent. « La surveillance génomique est notre bouclier. Elle est la clé d’une riposte rapide et ciblée », a-t-il déclaré.
Le chercheur a également insisté sur la nécessité de renforcer les collaborations entre les pays et les disciplines afin de construire un réseau scientifique durable.
Une surveillance qui regarde aussi vers la nature
Au-delà de la formation technique, l’enjeu est donc de faire évoluer la manière dont les risques sanitaires sont appréhendés en Afrique. Une maladie émergente peut être liée à des interactions complexes entre humains, animaux et écosystèmes. Comprendre ces interactions permet de mieux identifier les facteurs susceptibles de favoriser la circulation de certains agents pathogènes.
Dans cette perspective, la surveillance de la santé animale et de l’environnement devient complémentaire de la surveillance médicale. Les chercheurs réunis à Lomé cherchent ainsi à renforcer une capacité africaine permettant de détecter, caractériser et suivre plus rapidement les agents infectieux susceptibles de menacer les populations.
En accueillant cette phase de formation, l’Université de Lomé, à travers le laboratoire BIOLIM, entend ainsi consolider son rôle dans la formation scientifique, la coopération régionale et le renforcement de la souveraineté sanitaire africaine.
